Ist die Stiftung einmal wirksam entstanden, bedeutete dies nicht automatisch, dass sie gänzlich dem Einfluss ihrer Gründer entzogen ist: Je nach Ausgestaltung der Gründungserklärung kann sich der Gründer Bestellungs- und Abberufungskompetenzen vorbehalten oder auch spezielle (Kontroll-)Organe vorsehen (in die er sich bspw selbst setzen kann).

Anders als für Privatstiftungen nach PSG muss das Recht zur nachträglichen Änderung der Gründungserklärung (§ 11 Abs 1 BStFG) nicht ausdrücklich vorbehalten werden und steht zudem auch den Rechtsnachfolgern der Gründer zu. Für alle nachträglichen Änderungen des Regelungswerkes gilt eine sinngemäße Anwendung jener Bestimmungen, die auch bei der Gründung zur Anwendung gelangen, woraus insbesondere eine erneute bescheidmäßige Prüfung durch die Finanzbehörde folgt. Das Merkmal der Gemeinnützigkeit kann somit nicht umgangen werden. Ein allfälliger Widerruf durch den Gründer ist jederzeit möglich und führt zur Auflösung der Stiftung, ohne dass dieses Recht gesondert vorbehalten hätte werden müssen. Im Fall der Auflösung kommt das Vermögen jedoch nicht dem Gründer zu, sondern ist an einen in der Gründungserklärung festzulegenden Letztbegünstigten auszuschütten.

Hervorzuheben ist, dass auch der Stiftungszweck nach Entstehung der Stiftung nachträglich noch geändert werden kann. Dies gilt jedoch mit der Einschränkung, dass dies in der ursprünglichen Gründungserklärung bereits vorgesehen sein muss oder der ursprüngliche Gründungszweck nicht mehr erfüllt werden kann, „wobei der Gründerwille nicht außer Acht gelassen werden darf.“ Hier ist an jene Fälle zu denken, in denen aufgrund medizinischer Entwicklungen der ursprüngliche Zweck erreicht wurde, jedoch im Sinne des Gründerwillens eine durch die Stiftung ermöglichte Forschung auf einem medizinischen Gebiet weitergeführt werden können soll. Mit anderen Worten ist in solchen Fällen auf den hypothetischen Gründerwillen abzustellen.